İlk dönemlerden itibaren Tanrı’nın varlığı konusunda olduğu gibi evrenin mahiyeti ve nasıl meydana geldiği konusunda da çok çeşitli düşünceler ve anlayışlar ortaya çıkmıştır. Tabiatta gaye var mıdır yok mudur? Bir kısmında var, bir kısmında yok ise, tabiatın bütünlüğünü ve genel prensiplerini, nasıl izah etmeli? Tabiatta bunlar, bir zaman için yok iken bir müddet sonra teşekkül ediyorsa, bu teşekkülün sebep ve kaynağını, tabiatın birliğini nasıl göstermeli? şeklindeki sorulara maddeci anlayış şöyle cevap verir : Tabiatta ne yüzeyde görülebilen sayısız tesadüflerin, ne de bütün tesadüfler arasında olayların genel kanunlara göre meydana geldiklerini gösteren kesin sonuçların hiç birinde şuurlu, planlı bir gaye yoktur. Varlık kendiliğinden oluşurken, bilinçsiz bir şekilde hücre oluşmuş, tabiatın insana yönelik bir amacı olmadan kör bir tesadüf sonucu insan meydana gelmiş ve bilinç doğmuştur.

Materyalizmin bilinen kökü milâttan önce V. asra kadar uzanır. Materyalizm milâttan sonra 18. yüzyıla kadar zayıf bir akım olarak varlığını sürdürmüş, son asırların Avrupa’sında yeniden taraftar ve güç kazanarak “Tarihi Materyalizm”, “Darwinizm” ve “Pozitivizm” şeklinde yayılma imkânı bulmuştur. Aralarında bazı izah farkları bulunmakla birlikte bu akımların hepsi de materyalisttir, sonuç itibariyle inkârcıdır. Materyalist felsefe görüşü olarak bilinen maddecilik anlayışına göre evreni ve oluşumları kontrol eden yaratıcı bir tanrı bulunmamakta, bütün bu oluşumlar ve evren maddenin kendisinden, onun ezelî ve ebedî oluşundan kaynaklanmaktadır. Bu anlayışa göre bu maddî evren yaratılmamış olduğundan bir başlangıcı ve sonu yoktur. Bu iddia, ateistlerin tarih boyunca dayandıkları en temel iddia olmuştur.

Materyalist anlayış özellikle Demokritos, Epikuros ve Lucretius’un öncülüğündeki bir akım olarak Eski Yunan’a dayandırılır. Bu konuda öne çıkan ilk isim Demokritos’tur. Ona göre bütün madde, ezelî ve ebedî olan yok edilemez ve değişmez atomlardan oluşur. Bu fikirlerinden dolayı Demokritos günümüz materyalistlerinin fikir babası sayılır.

Epikuros, atomculuk anlayışını Demokritos’tan almıştır. Epikuros’un, tanrıların varlığı ile ilgili sözleri bulunsa da, bu tanrılar hiç bir doğa olayına karışmazlar. Epikuros’a göre evren ezelîdir ve her şey birbiri ardından doğum ve ölümü meydana getiren öncesiz-sonrasız bir düzene göre işlemektedir. Tarihin en meşhur ve etkili materyalisti olan Karl Marx, doktora unvanını “Demokritos ile Epikuros’un Doğa Felsefeleri” isimli tezinden almıştır. Tanrı’nın varlığını yok saymak için maddenin ezeli olduğunu kabul etmenin gerekliliğini savunarak günümüz materyalist anlayışına en yakın görüşler ortaya koyan antik dönem düşünürü Lucretius’tur. Bu açıdan Lucretius ta Materyalizm anlayışının babası olarak gösterilir.

Maddenin bir başlangıcı olmadığını sonsuzdan gelip sonsuza gideceğini kabul eden materyalist anlayışta temel unsur ‘madde’ dir. Bu ateist anlayış 19. yüzyıldan itibaren Batı’da yeni bir karakter kazanmıştır. Bu dönemde ateizm Tanrı’nın varlığı hakkında ileri sürülen delilleri reddetmekten çok, O’na atfedilen nitelikleri eleştirmeye yönelmiş, sonlu bir varlık olan insanla, ebedî bir varlık olan Tanrı’nın birlikteliğinin imkânsız olduğunu ileri sürmüştür. Modern dönemde Tanrı’nın varlığı, ateistlerce insanın özüne yabancılaşması ve özgürlüğünü kaybetmesi açısından temel bir problem olarak gözükmüştür. Bu dönemde insan özgürlüğü ile Tanrı iradesi arasında derin bir uçurum oluşmuş böylece ateistler kendilerini bu ikilem içerisinde bulmuşlardır. İnsanı, Tanrı’ya tercih ederek zihinlerindeki sorunu çözmeye çalışmışlardır.

Schopenhauer, Feuerbach, Marx, Nietzsche, Freud, Sartre ve Ayer gibi düşünürler modern ateizmin öncüleridir. Bu dönemde genelde bütün dinler, özelde ise Hıristiyanlık, ciddi bir biçimde reddedilmiştir. Ayrıca mitolojik, teolojik ve felsefî Tanrı kavramları da kapsamlı olarak eleştiriye tâbi tutulmuştur. Modern dönemde ateizm, felsefî bir problem olmaktan öte bazen politik bir yaşam biçimi haline getirilmiş ve ideolojik bir dünya görüşü olarak sunulmaya çalışılmıştır. Özellikle Karl Marx, Friedrich Engels ve Lenin’in görüşlerinden hareketle kurulan sosyalist yönetimlerde ateizm komünist partilerin propaganda aracı olarak kullanılmıştır. Eski Sovyetler Birliği ile Sosyalizmin hâkim olduğu bazı üçüncü dünya ülkelerinde ateizm, Marksist ve Leninist dünya görüşünün ayrılmaz bir parçası olarak değerlendirilmiş ve “bilimsel ateizm” adıyla takdim edilmiştir.

Materyalist felsefenin en etkili ismi hiç şüphesiz Karl Marx olmuştur. F. Engels ile birlikte kurduğu bu sisteme Tarihsel Materyalizm ve Diyalektik Materyalizm adını vermişlerdi. Her ne kadar bu iki terim birbirinin yerini tutsa da, insan işlerinden söz ederken Tarihsel Materyalizm tabirini, evrenin insanî olmayan yönlerinden söz ederken Diyalektik Materyalizm ifadesini kullanmak daha uygundur. Marksçı diyalektiğe göre doğa; tarih, toplum ve kültür alanlarındaki bütün gelişme, çatışma, çelişki ve aşamalardan geçerek ilerler. Tarihin ve toplumun diyalektik açıdan incelenmesi, temel ilkelerinin ve belirlenmelerinin ortaya konması, Marksçılığın özel, ancak en temel felsefî-bilimsel alanını oluşturur ve bu alana ilişkin açıklamaların bütününe ‘tarihsel maddecilik kuramı’ adı verilir.

Marksist materyalizm bilinebilirci özelliği ile bilimi âdetâ kutsayarak bilimin dinin yerini alacağını ve bilimin verilerinin hem dini, hem de agnostisizmi geçersiz kılacağını savunur. Engels, bilimsel bilginin başarısını agnostisizmin en ünlü temsilcilerinden Kant’ı eleştirerek şöyle ifade eder : “ Kant’ın çağında, doğal nesneler konusundaki bilgimiz gerçekten öylesine bölük pörçüktü ki, onların her biri üzerine bildiğimiz az bir şeyin ötesinde sırlarla dolu bir “kendinde-şey” bulunduğu pekala sanılabilirdi. Ama bu kavranamaz şeyler, bilimin dev adımlarıyla ilerlemesi sırasında kavrandılar, çözümlendiler, üstelik yeniden üretildiler; üretebildiğimiz şeyin bilinemez olduğunu elbette düşünemeyiz.” Görüldüğü gibi bilimi, felsefelerine dayanak olarak gösteren materyalist anlayış, bilimsel verilere öyle çok güvenmektedir ki, ileride göreceğimiz modern bilimsel verilerin evrenin oluşumu ve bu oluşumun ancak bir gâyeye göre düzenlenebileceğine dair verilerine karşı çaresiz kalmakta ve felsefelerinin temeline koydukları bilim, tarih boyunca gelen anlayışlarına karşı bomba etkisi yapmaktadır.

Felsefelerini eylemle birleştiren Marksçılar, Karl Marx’ın ölümünden 70 yıl sonra, kendilerine Marksçı adı verilen toplulukların, dünyanın üçte birini yönetimleri altına almasını sağlamışlardır. Friedrich Hegel, gerçekliğin tarihsel bir süreç olduğunu, tarihin doğrusal bir şekilde, evrimsel bir süreç izleyen, bu evrimin de sürekli olarak gelişmeyi içerdiği, sürekli ilerlemeci bir tarih anlayışı ile açıklamıştı. Marx’ın fikirlerinin oluşmasında Hegelci tarih anlayışının ciddi etkileri olmuştur. Hegel’in, tarihi, metafizik bir açıdan değerlendirmesine karşın; Marx, tarihe tamamen maddeci bir açıdan bakmış, kendi görüşlerine tarihsel maddecilik (materyalizm) ismini vermiştir. Dini akıl noktasında inceleyen Hegel şöyle bir tarifte bulunur : “Her din, temelde kâinatın belirli bir tarzda, görülüşünden başka bir şey değildir.”  Marx’ın din hakkındaki ifadeleri de farklı değildir : “Din, baskı altındaki yaratıkların iç çekişmesi, kalpsiz bir dünyanın  kalbi, ruhsuz olayların ruhudur. Din, fakir halkın afyonudur.

Maddenin ezelîliği ve onun her şeyin kaynağı olduğu görüşünden hareketle ateizmi temellendirmeye çalışan materyalizmin iddiasının iki önemli basamağı bulunmaktadır. İlk basamakta maddenin ezelîliğinin apaçık olduğu, hattâ bunun bilimsel olarak kanıtlandığı ve maddenin, şuur dahil, her şeyin kaynağını oluşturduğu söylenmekte; ikinci basamakta ise, bu görüşün yaratıcı bir Tanrı fikrini imkânsız kıldığı öne sürülmektedir. Materyalizme göre, maddenin ezelî olması evrenin ezelî olması anlamına gelmektedir. Çünkü son tahlilde evren de madde yığınından ibarettir. Buna göre evren var oluş sebebini kendi içinde taşımaktadır. Evren ve onun içindeki her şey kendi varlık alanlarının dışında var olan bir nedene muhtaç değildir. Dolayısıyla materyalizm Tanrı’yı ya fiziksel-maddi bir varlığa indirgeyecek, ya da O’nun varlığını reddedecektir. Bu nedenle materyalizmin ateizmle çok sıkı bir ilişkisi vardır. Maddenin ezelîliği ve onun her şeyin kaynağı olduğu şeklindeki bir görüşün zorunlu olarak Tanrı’yı devre dışı bırakacağı ve O’nun varlığını reddedeceği açıktır. Dolayısıyla materyalizm, ateizmin dayandığı temel argümanlardan birisidir.

Maddenin sonsuzluğunu, tek gerçekliğini ve var olan her şeyin kaynağı olduğunu iddia eden materyalizm, madde ötesi ruh ve Tanrı gibi kavramları reddetmiş, metafiziğe ve teolojiye varlık alanı tanımamış, evrenin işleyişinde gâye ve nihaî nedenler gibi konulara yer vermemiştir. Günümüzde ise Tanrı’nın varlığını kanıtlamaya yönelik olan kozmolojik ve teleolojik kanıtlarla mücadele içerisinde bulunmuştur. Buna karşılık olarak teizm ise Tanrı’nın varlığını ve maddenin yaratılmış olduğunu kabul ederek kendi sistemini kurmuş evrenle ilgili olarak kozmolojik ve teleolojik kanıtları ileri sürmüştür. Bilimsel sonuçlar kozmolojik delilin, ya da klâsik İslâmî terminolojiyle ile “hudûs” ve “imkân” delillerinin formüle edildikleri dönemlerin ilkel ve zayıf bilimsel anlayışlarının geçersizliklerini, hatta bizzat kozmolojik delilin geçersizliğini ortaya koyabilir; ama bunların hiçbirinden “o halde Tanrı yoktur” hükmü çıkarılamaz.

Çağdaş İngiliz düşünürü John Macquarrie’nin de işaret ettiği gibi, ateistlerin önemli bir kısmı, kozmolojik açıdan bugün artık “katıksız bir ateizm” iddiasından vazgeçmiştir. Ama bu vazgeçiş de onları bir ikileme sokmuştur. Şöyle ki, ateist, maddeci ve indirgemeci bir tutumu benimsediği taktirde açıklayamadığı bir sürü soruyla karşı karşıya kalmakta ve buna rağmen ateizminde iddialı olunca da irrasyonalizme gitmektedir. Oysa onun teizm karşısında kullana geldiği en büyük tenkit silahı, irrasyonalizm silahıydı. Maddeci ateist eğer rasyonalist davrandığını ortaya koyacaksa, şekilsiz bir maddeden bugünkü kâinatın nasıl meydana geldiğini açıklamak zorundadır. Bugüne kadar bu konuya tatmin edici bir açıklama getiren herhangi bir ateist çıkmamıştır. Öte yandan, kâinatın oluşumunda bir çeşit “yaratıcılık”, “istikamet”, “şuur” v.s gibi şeyler görünmeye başladığı taktirde de ya bir çeşit panteizme, yahut âlemde yarı ilâhî ve içkin bir gücün  bulunduğu inancına gidilmektedir. Bu tür anlayışların, “kozmolojik bir açıklama ilkesi” olarak teizmden daha başarılı olduğunu söylemenin mümkün olmadığını ateistlerin pek çoğu kabul ve itiraf etmektedir. Yine çağdaş Batı düşünürlerinden Norman L. Geisler, ateizmin felsefî ölümü hakkında şöyle söylemektedir : “Ateizmin ölümünden söz ederken,  mutlaka dünyada daha az ateistin olduğunu değil, sadece, ateist olmak için daha az nedenin olduğunu söylemek istiyoruz. Yani, ateist bir tutumu savunmak için başvurulan düşünsel zeminler çökmüştür demek istiyoruz.”